1996-97年季中，以总经理的身份接管一泻千里的马刺，最后仅获得20胜62负战绩，中断先前连续六年打进季后赛，不过在该季结束后的选秀会抽中状元签，选进提姆·邓肯，正式开启连续22年的“马刺王朝”。

2014年8月5日，波波维奇雇用前WNBA球员贝姬·哈蒙成为马刺队助教。

2015年2月10日，马刺客场95：93击败印第安那溜马．波波维奇成为NBA历史上第九位赢得1,000胜的总教练。

2015年12月15日，马刺主场以118:81击败爵士，波波维奇收下此胜，超越里克·阿德尔曼所执教的总胜场数1,042，升至NBA例行赛总执教胜场数第八名。

2015年7月6日，波波维奇在去年夏天很认真地考虑过退休一事，但他最终还是和马刺执行剩下四年合约，平均年薪在1,100万的合约。

2016年首轮季后赛，马刺以直落4横扫伤兵满营的曼菲斯灰熊执教生涯第9次横扫，超越“禅师”菲尔·杰克逊的8次，跃居史上第一。

2016里约奥运后，波波维奇将接下杜克大学“K教练”麦克·沙舍夫斯基的棒子，成为新任美国队教头。

2016年11月17日，马刺客场以110:105险胜国王，波波维奇追平老友拉里·布朗的执教胜场纪录1,097胜。翌日，马刺客场以116:107险胜湖人，波波维奇超越老友拉里·布朗的总执教胜场纪录1098胜，接下来挑战“禅师”菲尔·杰克逊的1,155胜。

2017年2月3日，马刺主场以102:86大胜七六人，波波维奇追平教皇杰里·斯隆例行赛总胜场数1,127场。翌日，马刺主场以121:97大胜金块，波波维奇正式成为史上带领单一球队拿下最多胜的总教练。

2017年5月10日，季后赛第二轮第五场，马刺主场迎战火箭，在延长赛以110比107击败火箭，取得系列战3比2的听牌优势；波波维奇收下此胜，成为NBA第四位在季后赛主场百胜的教练。

2017年11月3日，马刺主场以108:101险胜夏洛特黄蜂，波波维奇追平禅师菲尔·杰克逊例行赛总胜场数1,155场。

2017年11月5日，马刺主场以112:95大胜凤凰城太阳，波波维奇超越禅师菲尔·杰克逊例行赛总胜场数1,156场。暂居NBA总胜场数历史第六，本赛季有望挑战乔治·卡尔的纪录1,175胜。

2017年11月15日，马刺踢馆小牛，以97比91险胜小牛；收下此胜，波波维奇成为NBA第三位例行赛生涯客场取得第500胜的总教练。前面两位是帕特·莱利与唐·尼尔森 。

2017年12月29日，马刺主场迎战尼克以119比107战胜尼克；收下此胜，波波维奇执教胜场数追平乔治·卡尔。

2018年1月3日，马刺作客纽约，以100比91击败尼克；收下此胜，波波维奇执教胜场数1,176胜超越乔治·卡尔，在NBA总胜场数暂居第四。

2018年4月9日，马刺凭借决胜节38对19的逆袭，以98比85惊险击退国王，锁定季后赛席次，连21季闯入季后赛追平拓荒者于1983-2003赛季缔造的纪录，并列史上第2，铁血教头波波维奇也因此超越了“禅师”菲尔·杰克逊连20季率队打进季后赛的纪录，独占史上第1。

2018年10月27日，马刺主场以110:106逆转湖人，波波维奇成为历史上第五位拿到1,200胜的教练，前四位都是名人堂传奇教头分别是唐·尼尔森、蓝尼·威肯斯、杰里·斯隆和帕特·莱利，接下来挑战神算子帕特·莱利1,210胜的纪录 。

2018年12月10日，马刺主场以110:97击败爵士，波波维奇执教生涯常规赛胜场数来到1,210场，追平神算子帕特·莱利1,210胜的纪录，排名升至NBA历史第四位。

2019年1月8日，马刺队客场以119:107战胜活塞队，在加上这1场比赛之后，马刺主教练波波维奇生涯常规赛胜场数来到1,221，追平杰里·斯隆升至NBA历史第三位，排在前两位的分别是兰尼·威尔肯斯（1,332）、唐·尼尔森（1,335）。

此外，波波维奇的客场执教总胜场达到了518场，超越了唐·尼尔森升至历史第二，排在第一的则是帕特·莱利（520）。

2019年1月10日，马刺队主场二度延长赛以154:147战胜雷霆队，在加上这1场比赛之后，马刺主教练波波维奇生涯常规赛胜场数来到1,222，超越杰里·斯隆单独NBA历史第三位，

2019年1月27日，在一场常规赛中，马刺在客场以126:114击败鹈鹕，这是马刺主帅波波维奇作为教练取得的第521场常规赛客场胜利，超越帕特·莱利，升至历史第一。

2019年4月8日，在一场常规赛中，马刺队在客场以112:90的比分战胜克利夫兰骑士队。在拿下本场比赛的胜利之后，波波维奇职业生涯（常规赛加季后赛）执教总胜场数达到1,411，超越唐-尼尔森（1,410）升至历史第2位，排在第1位的则是兰尼-威尔肯斯（1,412）。

2019年4月14日，马刺队在客场成功101:96击败金块队顺利收下系列赛首战胜利。除此之外，波波维奇也成为NBA历史上最多胜教练 (例行赛+季后赛)。目前生涯已经累计1,413胜。

2019年4月26日，马刺迎来了主场对阵掘金的系列赛第6场比赛。据马刺公关人员Jordan Howenstine统计，这是波波维奇职业生涯执教的283场季后赛，超越了帕特·莱利独占NBA历史季后赛执教场数排行榜第2位，但马刺在当年季后赛7场大战不敌金块，止步第一轮。

波波维奇生涯率领马刺赢得5座NBA总冠军，连续22年带领球队打进季后赛创下新高。2019-20年复赛，马刺以112-118不敌爵士，终止连续22年打进季后赛。

此外，波波维奇担任2019年世界杯篮球赛、以及2020年东京奥运的美国队教练。

2022年2月13日，马刺队在客场成功124:114击败鹈鹕队顺利收下胜利，追平蓝尼·威肯斯，并列历史第二。

2022年2月16日，马刺作客雷霆，帕波维奇率子弟兵以114：106收下胜利，也喜获生涯执教1,333胜，正式超越威肯斯（Lenny Wilkens），成为NBA史上总胜场数第二多主帅，不过距离第一名的尼尔森（Don Nelson）也近在咫尺，只要再获得3胜就能夺下第一多胜的宝座。

2022年3月8日，马刺队在主场成功117:110击败洛杉矶湖人队顺利收下胜利，追平唐·尼尔森，并列历史第一。

2022年3月12日，马刺队在主场成功104:102逆转击败犹他爵士队收下胜利，成为总胜场数历史第一。

2023年7月8日，波波维奇以5年8,000万合约成为史上最高薪总教练[2]。8月，获选进入篮球名人堂。

2024年11月2日，波波维奇出现了“健康问题”需要休假。两天后，宣布他需要无限期休假，由助理教练米奇·约翰逊接任临时主教练。后来在11月13日透露波波维奇患有轻度中风，2025年2月22日，有消息称波波维奇不太可能在2024-25赛季重返场边，并且他的执教未来“不确定”。2025年5月2日，马刺队宣布波波维奇卸任总教练一职，转任球队运营总裁。[3][4]