肠虫清的使用针对感染的寄生虫不同，服用次数也不尽相同，需具体分析。
肠虫清有名阿苯达唑，是一种广谱驱虫药物，主要用于治疗钩虫、蛔虫、鞭虫、蛲虫、旋毛虫、囊虫和包虫病等寄生虫感染。感染寄生虫的种类不同，服用的方法也不一样。如蛔虫、蛲虫感染，服用1次即可；钩虫病，鞭虫病，需要连服6次；旋毛虫病，需要连服14次；囊虫病，10天为1个疗程，一般需1-3个疗程，疗程间隔一般为3个月；包虫病，一个疗程为1个月，一般需5个疗程以上，疗程间隔为7-10天；而钩虫容易复发，患者一般在2周后需要加服一次。
此外，肠虫清使用时需注意，2岁以下的儿童不可以使用，孕妇不可以使用。